应该是2002年高三毕业，因为该学生1999年至2000年为高一，2000年至2001年为高二，2001年至2002年为高三，又因为普通高中的学制为三年，如果该学生没有特殊情况，去申请休学，坚持正常的学习，各科学业水平考试和综合素质评价都合格，应该在2002年准予毕业。