余姓起源有四：
1、来源于祖先由余名字中的“余”字演变而来。相传，其远祖黄帝数传至周武王，有子叔虞，被封于唐，后来其子又移封于晋，为晋侯。叔虞裔孙晋哀公，生子由余，避乱于西戎。后来出使秦国，见秦穆公，深为折服，遂拜为上卿。秦穆公有了由余的辅佐，一举灭掉西戎十二国。成为西方盟主。由余去世以后，他的子孙便以余为姓，以示出自这位名贤之后，并以此来纪念自己的祖先。
2、出自大禹之后。夏朝时，夏主少康的庶子无余被封为越王，无余的子孙中也有人以他名字中的余为姓。
3、出自大禹的排名较好子空（又名罕），被封为余度王（一说余庆王），其后代以祖先爵号为姓。
4、春秋时，齐国有人以“余丘”为姓，后来又简化成余。
安徽繁昌余氏，以族谱按，繁昌（旧称繁阳）排冲之余氏出自秦之由余公，其子晋以王父字为姓故氏余。初居雷州后迁歙州再迁婺源再迁南陵再迁繁阳排家冲。又考出自雷州海康县擎雷山长矛余氏之后，先祖夏禹王排名较好子余侯愇罕者封涂山以涂有余遂以为姓。历史来源余氏早期在陕西、甘肃一带繁衍，秦汉以后开始迁到河南、安徽、江苏、浙江等地，发展为大族，分别成为新安（今安徽歙县）、下邳（今江苏睢宁县西北）、吴兴（浙江今县）的郡望。唐代初期，余氏开始迁往福建、广东、湖南。唐末有余渊海，因避黄巢兵，自福建同安北迁邵武，于唐僖宗光启年间再迁入韶州曲江县武溪，是为余氏入粤始祖。