区别：性质不一样、代表不一样
开基祖一般指地基主，别称地主，开基祖，是住宅、房舍的守护灵，是全球范围内受福建文化所影响地域人们独特的信仰。世界各地的福建人和台湾人常会在春节、清明节、中元节时，或者旧历每月初二、十六作牙时，以简单菜肴为祭品，并焚烧纸钱，加以祭拜。
始祖是一个汉语词汇，指得姓的祖先，亦指有世系可考的较好初的远祖。还可用于开国君主追尊的先祖庙号。
二者含义和强调意义不同：开基祖是指开创帝王、门第、产业等基业的排名较好代祖先，强调基业的开始；始祖是按血缘关系追溯至某族系分枝的排名较好代祖辈，强调血缘关系。